مارکار آقاجانیان که در دوره نخست سرمربیگری کی روش جز کادر فنی تیم ملی بود بار دیگر در آستانه بازگشت به نیمکت تیم ملی می باشد.پس از منتفی شدن حضور نکونام به عنوان دستیار کی روش این بار انتخاب فدراسیون فوتبال برای مربی ایرانی بار دیگر آقاجانیان می باشد.
مارکار آقاجانیان بار دیگر به جمع کادر فنی تیم ملی اضافه خواهد شد.
برهمین اساس طبق اعلام احسان اصولی، به احتمال فراوان مارکار آقاجانیان، دستیار ایرانی کیروش که در دوره اول حضور این مربی نیز در کادر فنی تیم ملی حضور داشت باز هم به جمع دستیاران مربی پرتغالی اضافه خواهد شد.
آقاجانیان در جام جهانی ۲۰۱۴ و ۲۰۱۸ و جام ملت های آسیا ۲۰۰۷، ۲۰۱۵ و ۲۰۱۹ در کادرفنی ایران فعالیت کرده است.