دوران مربیگری جواد نکونام روی نیمکت استقلال در حالی به پایان رسید که او با تیمش در طول زمان حضورش فقط در ۵ مسابقه با شکست رمین را ترک کرده است.پس از شکست مقابل السد در لیگ نخبگان نکونام از سمت خود کناره گیری کرد تا زمینه برای حضور یک سرمربی تازه نفس در جمع آبی‌ها فراهم شود. در واقع تعداد ناکامی‌های استقلال در این فصل و اهمیت مسابقاتی که آبی‌پوشان تحت هدایت جواد نکونام واگذار کرده بودند در نهایت کار را به جایی رساند که سرمربی این تیم تصمیم به کناره گیری گرفت و اگر چنین کاری را انجام نمی داد، احتمال اینکه باشگاه بیانیه اخراج او را صادر می‌کرد، اصلاً کم نبود.
دوران مربیگری جواد نکونام در استقلال با شکست مقابل السد در لیگ نخبگان به پایان رسید.
از تابستان پارسال که نکونام روی نیمکت استقلال نشست آنها فقط در ۵ بازی رسمی شکست خوردند.این مربی فصل قبل در هفته‌های آغازین لیگ بیست و سوم، مسابقه را در اصفهان به سپاهان باخت که اولین و آخرین شکست استقلال در لیگ قبلی تلقی می‌شد. البته استقلال اسفند پارسال یک شکست سرنوشت ساز دیگر را نیز را تجربه کرد. ناکامی مقابل مس رفسنجان در جام حذفی که موجب شد استقلال با آن مسابقات وداع کند.
در این فصل اما شرایط کاملاً متفاوت و بغرنج شد. استقلال ابتدا به استقلال خوزستان در اهواز باخت، پس از آن مسابقه همیشه حساس و مهم مقابل پرسپولیس را واگذار کرد و البته پنجمین شکست نکونام طی دوران سرمربیگری خود در استقلال نیز برابر السد قطر رقم خورد تا پرونده سرمربیگری او در این تیم بسته شود.
